Amcazâde Hüseyin Paşa’nın sadâreti zamanında (1697-1702) dershane-mescid, kütüphane, sıbyan mektebi, on altı medrese hücresi ve sebilden ibaret olarak 2580 m2’lik bir alana inşa edilmiş ve kırk yıl kadar sonra bunlara bir de çeşme eklenmiştir. 1112 (1700) tarihli vakfiyesinden, külliyenin daha çok kıraat ve tecvid öğretimi yapmak amacıyla kurulduğu anlaşılmaktadır. Mimarbaşı İbrâhim Ağa tarafından inşa edilen külliye, barok üslûbun Türkiye’de kendini göstermeye başladığı bir dönemin eseri olmakla birlikte, daha çok klasik çizgilere bağlı kalınarak meydana getirilmiştir. Külliye 1718, 1755, 1872 ve 1896 yıllarında yangın ve depremlerden büyük zarar görmüş ve her seferinde tamir edilmiştir. Bunlar arasında en esaslı tamiratın 1168 (1754-55) yılında yapıldığı anlaşılmaktadır. Son defa 1940’ta E. Hakkı Ayverdi tarafından restore edilmiş, 1966 yılında da bazı değişikliklerle on üç seksiyonlu bir müze binası haline getirilmiştir.