Müze’nin temelleri, 2010 senesinde, Bodrum Yat Festivali kapsamında Bodrum Kalesi önüne kurulan bir çadır içinde 18 adet Bodrum Tipi tekne modelinin sergilenmesiyle atılmıştır. Sonrasında, Bodrum Ticaret Odası’nın proje liderliği ve Bodrum Belediyesi’nin katkılarıyla, “Müze Projesi Tanıtım Sergileri” olarak farklı illerde ve platformlarda Bodrum’u temsil etmiştir. Eski Bedesten binasının Müze olarak tahsis edilmesiyle de, 15 Ekim 2011 senesinde halkın ziyaretine açılmıştır.