27 Aralık 1919’da Ankara’ya gelen Atatürk, önce Ziraat Mektebi’ni daha sonra da İstasyon Şefi Köşkü’nü hem konut hem de çalışma yeri olarak kullanmıştır. Bu yapılar Ata’nın çalışma ve dinlenmesi için yetersiz kalınca uygun bir konut arayışı içine girilmiş, daha sakin ve huzurlu bir ortamda yaşamasını sağlamak amacıyla bağlar bölgesi Çankaya’daki bağevi Ankara Belediyesi tarafından 30 Mayıs 1921’de Mustafa Kemal’e armağan edilmiştir. Bağevi, ağaçlar arasında, kuzeyinde Ankara’ya hâkim büyükçe bir terası bulunan, dikdörtgen planlı, küçük bir yapıydı. Zemin katında, ortası fıskiyeli, sekizgen bir havuzu ve iki yanında birer odası olan merkezî bir taşlık, aynı plana sahip üst katta ise bir orta hol ve iki yanında birer oda bulunmaktaydı. 1923’te Atatürk’ün Latife Hanım ile evlenmesinden sonra ailenin günlük yaşamı ve Ata’nın siyasi-askeri hayatı için yetersiz olan bağevinin büyütülmesi çalışmalarına başlanmıştır. Mimar Vedat Tek tarafından hazırlanan ve uygulaması 1924 yılında tamamlanan projeye göre eski bağevine, güney cephesine bitişik ve tüm bina boyunca uzanan ve batı ucu yarım sekizgen bir kule ile biten iki katlı yeni bir bölüm eklenmiştir. Bu bölümün alt katı yemek salonu ve servis mutfağı; üst katı ise banyo, yatak odası ve Latife Hanım için çalışma odası olarak düzenlenmiştir. Bu katta daha önce yatak odası olarak kullanılan bölüm yeniden düzenlenerek geniş bir kütüphane ve çalışma odası haline getirilmiştir. Ayrıca, zemin kattaki girişin önüne rüzgârlık yapılmış, elçi kabul odası olarak düzenlenen oda yarım sekizgen biçimli bir çıkma ile genişletilmiştir. Bağevi döneminde taşlıkta bulunan havuz kaldırılarak giriş holü olarak düzenlenmiştir. Çalışmalar sırasında Köşk’ün doğu tarafına mutfak ve çamaşırlık içeren, tek katlı yeni bir bina eklenerek, bir servis merdiveni ile Köşk’e bağlanmıştır. Bu düzenlemelere bağlı olarak ortaya çıkan statik problemleri çözmek ve konfor koşullarını iyileştirmek amacıyla 1926 yılında yeni onarımlar yapılmış, yapıya kalorifer tesisatı döşenmiştir. Aynı dönemde Ata’nın manevi evlatları için çamaşırhane ve mutfak bölümünün üzerine 6 oda ve banyodan oluşan yeni bir kat eklenmiştir. 1930 yılında ise, üst kattaki kuleli bölüm Ata için ikinci bir çalışma odası olarak yeniden düzenlenmiştir. 1932 yılında inşa edilen Pembe Köşk’e taşınıncaya kadar ikametgahı olan, Kurtuluş Savaşı ve Cumhuriyet’in ilk yıllarında çok önemli olaylara tanıklık eden, Atatürk’ün, Cumhuriyet’in kurulması dâhil, devrimleri planladığı bu yapı 1950 yılında müze olarak halka açılmıştır. Yapıda ve eşyalarda meydana gelen bozulmaları durdurabilmek amacıyla 2002–2007 yılları arasında kapsamlı bir bakım ve onarım çalışması başlatılmış, bu çalışmalarla birlikte yapının bir müzeden çok, kullanıldığı dönemi yansıtan bir ‘konut’ olarak sergilenmesi için gerekli düzenlemeler yapılmıştır. Restorasyon çalışması tamamlanan Atatürk Müze Köşkü 19 Nisan 2007’de tekrar ziyarete açılmıştır.