Banisi Fatih Sultan Mehmet olan yapı 1462 – 1470 yılları arasında mimar Atik Sinan'a yaptırılmıştır. Külliye olarak tasarlanan yapıda medrese, darüşşifa, tabhane, aşevi, kütüphane, hamam ve cami bulunur. Yapının inşasında şeçilen alanın önemi büyüktür. Bizans döneminde burada Hagioi Apostoloi Kilisesi’nin olduğu bilinir. Külliyenin inşası içinde bu noktanın seçilmiş olması burada yeni bir inancın hakim olduğunu simgelemektedir. Bu yapılar topluluğu tam bir simetriye göre yapılmıştır. Külliyenin ortasında camiinin bulunması şehrin en önemli dini ve kültürel merkezini oluşturur. Yapının çevresindeki birimler doğru bir biçimde korunamadığından ve 1509, 1557, 1754 ile son olarak yıkıldığı 1766 depreminden sonra geçirdiği hasarlar sonucunda topluca günümüze ulaşamamıştır. Sultan III. Mustafa'nın emriyle yaptırılan bugünkü Fatih Camii, özgünlüğünü kaybetmiş ve günümüzdeki görünümünü kazanmıştır. Örneğin, ilk yapımında tek şerefeli olan minareler bugün birer şerefe daha eklenerek ve boyları uzatılarak, külahları da kurşun kaplı ahşaba çevirerek yapılarak yenilenmiştir. .