Fethiye Müzesi, İstanbul'da Fatih ilçesi'nin Çarşamba semtindedir. Doğu Roma Dönemi'nde yapılan Pammakaristos (pek çok mutlu) Manastırı'nın kilisesidir. İki binadan oluşan kilise, kentteki Latin egemenliğinin 1261'de son bulmasından sonra eski kilisenin kalıntıları üzerinde yeniden yaptırılmıştır. Kuzey kilisesi, Meryem'e adanmıştır. İmparator VIII. Mikhael Palailogos'un yeğeni Protostratos Mikhael Dukas Tarkhaniotes tarafından 1292-1294 yılları arasında yaptırılmıştır. Bir süre sonra 1315'te Mikhael Dukas'ın karısı Maria, kuzey kilisesinin sağ tarafına İsa'ya adanan küçük bir ek kilise (Parekklesion) yaptırmıştır. Mezar şapeli olan bu ek kilisede Maria ve Mikhael'in mezarları bulunmaktadır. Fetihten sonra Hristiyanların elinde kalan manastır ve kiliseye, 1455'te Havariun Kilisesi'nden çıkan Patrikhane taşınmış ve burası 1586 yılına kadar Patrikhane olarak kullanılmıştır. Sultan III. Murad Dönemi'nde (1574-1595) camiye dönüştürülen yapıya, o sırada yapılan Azerbaycan ve Gürcistan seferlerinin anısına Fethiye adı verilmiştir. Günümüzde kuzey kilise hâlen cami olarak kullanılmakta, ek kilise ise duvarları 14. yüzyılın en güzel mozaikleri ile süslü olup, 1938-1940 yıllarında onarıldıktan sonra müze olarak Ayasofya Müzesi'ne bağlı bir birim hâline getirilen müze, 2006 yılında ziyarete açılmıştır.