Bayezıd Külliyesi’nin bir parçası olan II. Bayezıd Hamamı (II. Bayezıd vakfiyesinde hamamdan söz edilmese de külliyenin bir parçası olduğu bilinir.) Yavuz Sultan Selim’in annesi ve II. Bayezıd’ın eşi Gülbahar Hatun tarafından vakıf yapısı olarak inşa ettirilir. Pek çok hamam yapısında olduğu gibi kitabesi bulunmadığından inşa tarihi kesin bilinmemekle birlikte Başbakanlık arşivindeki 16. yüzyıla ait kayıtlar doğrultusunda 1507-8 tarihlerinde yapıldığı kabul edilir. Kayıtlarda “Yeni Hamam” olarak anılan II. Bayezıd Hamamı, külliye birimlerinin biraz uzağında kalır. III. Ahmet’in tahttan indirilmesi ve Nevşehirli Damat İbrahim Paşa’nın öldürülmesine yol açan Patrona Halil isyanının hazırlanmasında rolü olan Patrona lakaplı tellak Halil’in burada çalıştığına dair rivayet nedeniyle Patrona Hamamı olarak da anılagelmiştir. Dikdörtgen bir kütleye sahip olan hamam, erkekler ve kadınlar bölümünden oluşan bir çifte hamamdır. Farklı girişleri olan her iki hamamın da Ordu Caddesi tarafına bakan yönünde büyük kubbeli soyunmalık birimleri bulunur. Bu birimlerden kadınlara ait olan kısım, biraz daha küçük bir mekandır. Soyunmalık bölümlerinin kuzeyinde ılıklık (soğukluk), sıcaklık bölümleri ve arka tarafta boydan boya uzanan külhan birimleri yer alır. Bayezıd Hamamı, 2000 yılında kamulaştırılarak kesin olarak İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü’nün mülkiyetine geçmiştir. 2003 yılında ayrıntılı rölövesi ve restitüsyon projesi, 2004’te ise restorasyon takviye projesi, İstanbul Üniversitesi ve İstanbul Teknik Üniversitesi’nin ortak çalışması olarak, Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu tarafından onaylanmıştır. 2010 yılında çevre ve mekan düzenlemeleri projeleri doğrultusunda restorasyonuna devam edilen yapı için 2011’de II. Beyazıt Hamamı Restorasyon ve Kültür Mirası Müzesi Düzenlenme Projeleri hazırlanmış ve müze olarak düzenlenmesi kararı alınmıştır. 2013 yılı Mayıs ayı itibariyle müze olarak düzenlenmesi için restorasyonuna başlanmıştır. Erkekler hamamın soyunmalık birimi süreli sergiler ve çeşitli etkinlikler için geçici sergi salonu olarak düzenlenmiş, her iki hamamın ılıklık ve sıcaklık birimleri ise “II. Bayezid Türk Hamam Kültürü Müzesi” olarak düzenlenmiştir. Sedir örtüleri, peştamal, nalın, sırma işli üç parça havlular (baş, sırt ve ayak için), hamam tası, şifa tası, kildanlık (sabunluk), kil veya sabun, kese, lif, tarak, yıkanma sonrasında ikram ve keyif için sunulan kahve-çay takımları, yemek takımları ile hamamın restorasyonları sırasında içerisinde ve yakın çevresinde tespit edilen Bizans ve Osmanlı devrine ait mimari taş buluntular sergilenen eserler arasındadır.