Divanyolu caddesi üzerindeki külliyenin inşaatını Sadrazam Merzifonlu Kara Mustafa Paşa 1094 (1683) yılından önce başlatmış ve ölümü üzerine oğlu Ali Bey 1102’de (1690-91) Mimar Hamdi’ye tamamlatmıştır. Medrese, dershane-mescid, sıbyan mektebi, sebil, su deposu, dükkânlar ve zamanla oluşan hazîreden meydana gelen külliyenin medresesi içinde bir de kütüphane tesis edilmişti. 1837 ve 1894 depremlerinde harap olan yapılar 1842-1843, 1861-1863 ve 1895 yıllarında tamir görmüştür. 1918’de harîkzedeler tarafından işgal edilen külliyenin 1953-1954 yıllarında yapılan yol genişletme çalışmaları sırasında dış cephesinden cepheye bitişik dükkânlar yıktırılmış, sebil ve hazîresi doğuya taşınmış, avlu kapısı geriye alınmıştır. 1960-1964 yılları arasında Vakıflar İdaresi tarafından restore edilmesinin ardından sebil kiraya verilmiş, diğer bölümleri İstanbul Fetih Cemiyeti, Yahya Kemal Enstitüsü ve Kubbealtı Akademisi Kültür ve Sanat Vakfı’na tahsis edilmiştir.