Bizans dönemine ait Pantokrator Manastırı’nın kiliseleri olup Haliç’e hâkim bir tepenin üstünde teraslarla düzenlenmiş geniş bir arazi üzerinde kurulmuştur. Camiyi oluşturan birbirine bitişik üç kilisenin Bizans devrindeki isimleri Evrenin Hâkimi Îsâ Mesîh (Hristos Pantokrator), Başmelek Mikhail (Arhangelos Mikhail) ve Şefkatli Meryem Ana’dır (Theotokos Elaiusa). Manastır İmparator II. Ioannes Komnenos’un eşi, Macar Kralı Laszlo’nun kızı Eirene tarafından 1124 yılı dolayında inşa edilmeye başlanmış ve imparatoriçenin ölümünden sonra manastırı muhtemelen kocası tamamlamıştır. “Typikon” denilen ve kuruluş ilkelerini belirleyen manastıra ait bir çeşit vakfiye ancak 1136’da yazılmıştır. Yapıların mimarı olarak Nikeforos bilinmektedir. Manastırın elli yataklı, beş bölümlü, iyi düzenlenmiş bir hastahanesi, kütüphanesi, yaşlılar yurdu, tıp mektebi, eczahane ve ayazma gibi bölümleri vardı. Başta yapının bânisi imparator ve imparatoriçe ile daha sonra Komnenos ve Palaiologos hânedanlarına mensup birçok kişi buraya gömülmüştür. Bizans devri boyunca şehrin çok saygı gösterilen yapıları arasında olan manastır Latin işgali esnasında Venedikli Katolik din adamları tarafından kullanılmıştır. Bu sırada yapıların zengin kilise eşyası, hıristiyan azizlere ait bazı kutsal hâtıralar (rölikler), hatta yapı malzemeleri başta Venedik olmak üzere Avrupa’nın değişik şehirlerine götürülmüştür. Bizans’ın son devrinde manastır hastahanesinin varlığını sürdürdüğü, başhekimliğini de bir Türk’ün yaptığı kaynaklarda belirtilir. Manastırdan günümüze ulaşan kiliselerden ikisi kapalı Yunan haçı planlıdır, ortada yer alanı ise iki kubbe ile örtülen tek nefli bir yapıdır. Duvarlar büyük ölçüde eski binalardan getirilen taş-tuğla malzeme ile ve tuğla ağırlıklı olarak örülmüştür. Duvarların genelinde bu dönemde çok yaygın olan ve bir sıra tuğlanın geri çekilmesiyle yapılan gizli tuğla duvar örgüsü kullanılmıştır. Kiliselerin bir imparatorluk tesisi olarak çok zengin biçimde süslendiği anlaşılmaktadır. Duvarların belli bir seviyeye kadar eski yapılardan sökülerek getirilen renkli mermer levhalarla kaplı olduğu, üst kısımları ve örtü sisteminin mozaik tekniğinde zengin bir süslemeye sahip bulunduğu kalan izlerden tesbit edilmektedir. Pencerelerde çok zengin renkli camlarla yapılmış vitrayların yer aldığı, 1970’lerde gerçekleştirilen restorasyonlarda ele geçen parçalar sayesinde ortaya çıkmıştır. Güneydeki yapının zemini de Bizans döneminden günümüze kalan, en zengin “opus sectile” tekniğinde mermer döşemelerden birine sahiptir. Döşemenin düğümlerle birbirine bağlanan dairesel madalyonlarından bazılarının antik sanattan esinlendiği sanılan figürlü süslemesi çok iyi korunmuştur. Bu döşemenin varlığı ahşap kaplamanın 1950 yıllarında değiştirilmesi sırasında tesbit edilmiştir. Binanın zengin süslemesi mermer, cam, taş, mozaik ve fresko gibi değişik malzeme gruplarında ortak motiflerle şekillenen bir bezeme üslûbu ile yapılmıştır.