Dolmabahçe Sarayı depolarında kapalı olarak bulunan ve sarayın tefriş edilmiş mekânlarında ziyaretçinin görebilme olanağı olmayan objelerin, modern bir depoda toplanması ve korunması amacıyla, Dolmabahçe Sarayı’nın Beşiktaş yönünde bulunan Matbah-ı Âmire (Dolmabahçe Saray Mutfakları) binalarında 2006 yılında bir depo-müze oluşturulmasına karar verildi.Proje kapsamında, ilk etapta 20.000 civarında objenin bu mekâna aktarılmasıyla oluşturulan Depo-Müze, ziyaretçilere de açık hale getirildi. Ancak yeterli düzeyde sergileme düzeneğinin olmaması nedeniyle, büyük oranda depolama ünitelerinde yer alan tüm koleksiyonlardan örneklerin sergilenebileceği, bünyesinde müze, sanat galerisi ve depoların yer alacağı “Saray Koleksiyonları Müzesi” projesi hayata geçirildi. Bu proje kapsamına öncelikli olarak Matbah-ı Âmire yapı grubunun daha önce ofis ve depo olarak kullanılan alanları da dahil olmak üzere, tümü restorasyona alınarak 2000 m²lik alanın tamamı Saray Koleksiyonları Müzesi bünyesinde değerlendirildi.Sergi düzenlemesinde kullanılmak ve mümkün olduğunca fazla objeyi ziyaretçi ile buluşturmak üzere, 28 adet modern müze vitrini, mutfak araçları sergileme alanı ve açık sergileme platformları oluşturuldu. Sergileme vitrinleri; ağır ve büyük objelerin sergilenmesi, hava ve toz sızdırmazlığının sağlanabilmesi amacıyla, dış etkilere karşı yüksek dayanımlı malzeme ve çelik taşıyıcı sistem ve kaplamadan oluşturuldu. Vitrinlerin iç kaplamalarında, uluslararası müzecilik standartlarına uygun özelliklerde panel ve kumaş kaplama uygulamaları yapıldı, vitrin camlarında ise objelerin güvenliğini ve doğru görünebilmesini sağlamak amacıyla özel lamine cam kullanıldı. Koleksiyon Saray Koleksiyonları Müzesi’nin ana teması, Dolmabahçe Sarayı başta olmak üzere, 19. yüzyıl Osmanlı saraylarında gündelik yaşamda kullanılmış olan ve Milli Saraylar envanteri içinde yer alan objeleri gün ışığına çıkarmak ve ziyarete açık hale getirmektir. Saray Koleksiyonları Müzesi’nde sergilenen objelerle, 19. yüzyıl gündelik Saray hayatının izlerini ziyaretçilere anlatabilecek ipuçlarının sağlanması hedeflenmektedir. Müze’de yer alan tüm eserler, Osmanlı sarayının dünyadaki gelişmeleri yakından takip ettiği bir dönemin ürünleri, özgün örnekleridir. Koleksiyon, yalnız Dolmabahçe Sarayı’nda kullanılmış eşyalardan değil, aynı zamanda Aynalıkavak, Küçüksu, Ihlamur, Maslak Kasırları ile Beylerbeyi ve Yıldız Sarayları’nda Osmanlı İmparatorluğu’nun son 70 yıllık sürecine tanıklık etmiş eserlerden oluşmaktadır. Sergilenen objeler arasında; şehzade ve prensesler tarafından kullanılmış kıyafetler, oyuncaklar, el işleri, padişahlar tarafından kullanılmış yazı takımları, mühürler, kitâbet gereçleri, Meclis-i Mebusan ve ilk TBMM’de kullanılmış yazı takımı örnekleri, ilaç sandığı ve ilaçlar, romatizma şok cihazı, dişçi ünitesi, padişahlara ait gümüş tıraş takımları, valide sultanlara ait temizlik ve bakım gereçleri, kristal, porselen ve gümüş yemek takımları, kristal ikram setleri, el yazması Kur’ân-ı Kerimler, feraşet çantaları, işlemeli seccade ve örtüler, mutfak araç ve gereçleri, Hereke halıları, Yıldız porselen ürünleri, saatler, çini sobalar, sanayi araç ve gereçleri, saray kütüphanesinden kitaplar, Halife Abdülmecid Efendi’ye ait resim alet ve gereçleri, yağlıboya tablolar, aydınlatma araçları, dekoratif araçlar ve şamdanlardan oluşan çok geniş bir koleksiyon yer almaktadır.  Saray Koleksiyonları Müzesi’nde, depo kısmında yer alan yaklaşık 43.000 tarihî obje arasından seçilen ve tüm koleksiyonları yansıtan 5.000 eserlik bir seçki sergilenmektedir. Müzenin giriş bölümü sanat galerisi olarak dönemlik sergilere ev sahipliği yapmakta, Koleksiyonlar bölümü ise, seçilen eserlerin daimî müze konsepti içinde ziyaretçileri ağırlayacak şekilde düzenlenmiştir. Saray Koleksiyonları Müzesi’nin son bölümü olan depo kısmında tüm objeler modern tekniklerle depolanmakta olup, periyodik bakımları yapılmaktadır. Ayrıca bu kısım uzmanların ve araştırmacıların kullanımına açık tutulmaktadır.