Buradaki ilk vapur iskelesi 1851’de Şirket-i Hayriye’nin kuruluşu ile birlikte Hayrettinönü denen yerde inşa edilmiştir 1884’te yetersiz kalınca bu ilk bina yıktırılarak yerine şirketin tamirat görevlisi Kirkor Kalfaya yeni bir iskele inşa ettirildi. 1898’de vapurların yanaştığı yer görülen ihtiyaç üzerine 10 m kadar genişletildi. 1900 yılında vapurların yanaşması sırasında iskele binasının sallanmaya başlaması üzerine bina bu seferde iki yanına payandalar yerleştirilerek güçlendirildi. 1908’de iskelenin deniz tarafı kısmen dolduruldu. Ayrıca mimar Eugenie’ye rıhtım inşa ettirildi.

1913’te, eskisinin yerine mimar Ali Talat beye yaptırılan, çatısında iki kubbesi bulunan, yığma, kargir bina, bugün halen kullanılmakta olan iskele binasıdır. 1919 yılının Şubat ayında şiddetli lodos fırtınası yüzünden yan taraftaki beton dayanaklar zarar görünce, Mimar Narlıyan Efendi’nin raporu uyarınca hasar gören bölümlerin üzerine kuvvetli kalaslar döşenerek yolcuların güven içinde giriş çıkışları sağlandı. 
Zaman içinde birkaç kez yenilenen binanın zemin katındaki sivri kemerli revaklı bölüm, 1979’da da üst kat kısmen camlı bölmelerle kapatıldı. Bina, 1987’de o günlerin parasıyla 60 milyon liraya esaslı bir şekilde baştan sona yenilendi. Vapur yanaşma yeri genişletildi. Girişe jeton turnikeleri kondu. Salondaki sütunların üzerine dört adet renkli pano yerleştirildi. Günümüzde bu iskeleye Boğaz vapurları ile Üsküdar-Beşiktaş arasında çalışan vapurlar yanaşıyor. İskele boyu 30, eni 43.5, maksimum su derinliği 8 metredir. İskeleye yanaşabilecek en büyük gemi tonajı 747,36 grostondur.