Türkleri uzun süre uğraştıran liman kalesinin fethi ancak Moğol Emiri Timur tarafından 1402’de gerçekleştirilmiştir. Bir tarafı deniz diğer üç tarafı hendeklerle çevrelenmiş olan kalenin, kaynaklar ancak deniz tarafının taşlarla doldurulup ahşap iskeleler yapılarak ele geçirilebildiğini aktarmaktadırlar. Timur’un 2 Aralık 1402’de İzmir’e vardığı ve liman kalesini iki hafta içinde fethettiği kaydedilmektedir. Musa Bey’in 1403’deki ölümü üzerine kardeşi II. Umur Bey Aydınoğulları topraklarına egemen olmuşsa da kısa bir süre sonra ailenin bir başka mirasçısı olarak ortaya çıkan İzmiroğlu Cüneyd Bey beylik topraklarını kontrol altına almıştır. İzmiroğlu Cüneyd Bey, Osmanlı beylik topraklarına tek başına egemen olan Çelebi Mehmed’e kısmen direnç göstermişse de Şövalyelerin de denizden desteği ile 1415’de kent ele geçirilmiş, bu arada tedbir olarak liman kalesini ve Kadifekale’nin surlarını yıktırmıştır. Bir süre Çelebi Mehmed ile birlikte hareket edecek olan Cüneyd Bey daha sonra Mustafa Çelebi’ye ve ardından II Murad’a yandaş olmuşsa da, Aydınoğulları beyliği topraklarına sahip çıkmak istemesi üzerine II Murad tarafından öldürülmüştür. Osmanlı hanedanı içindeki taht kavgaları sonunda kent ancak 1424’de II Murad zamanında tümüyle Osmanlı egemenliğine girmiş, Batı Anadolu’nun bu dönemde en önemli liman kenti haline gelmiştir.