Fatih ilçesinin Yavuzselim semtindeki Çukurbostan denilen Bizans açık su haznesi yanında Haliç’in dik yamaçları üzerindedir. Bu mevkiye aynı zamanda Mirza Sarayı dendiği rivayet edilir. Külliye esas olarak cami, iki tabhâne, Sultan Selim ve Hafsa Sultan türbesi, şehzadeler türbesi, mektep ve imaretten teşekkül etmiştir. Bir hayli uzakta olduğu halde bir çifte hamam da külliyeden sayılmaktadır. Ayrıca yine Kanûnî Sultan Süleyman tarafından Yavuz Sultan Selim adına Mimar Sinan’a yaptırılan ve dershanesi de bir cami olarak düzenlenen medrese ve çeşmeden oluşan küçük bir ikinci külliye Yenibahçe’de bulunmaktadır. Evliya Çelebi’ye göre bir kervansaray da mevcuttur (Seyahatnâme, I, 325). Peçuylu İbrâhim, Kanûnî’nin babasının vefatından sonra kabri üzerine bir türbe ve cami, imaret, mektep, medrese, dârüşşifâ ve dârüzziyâfe yaptırdığını ve bunun için 400.000 altının iç hazineden verildiğini kaydeder (Târih, I, 425). Külliyenin cami, tabhâne, türbe, mektep ve belki de imaretinin o sıralarda mimarbaşı olan Acem Ali tarafından, hamam ve kervansarayın da Mimar Sinan tarafından yapıldığı tahmin edilebilir. Bunlardan başka sonradan ilâve edilen Sultan Abdülmecid Türbesi ve bir meşruta binası külliye sınırları içindedir. Caminin, cümle kapısı üzerindeki üç satırlık Arapça kitâbeye göre, 929 Muharreminde (Aralık 1522) Sultan Selim’in emriyle yapılmış olduğu yazılıdır. Sultan Selim Türbesi’ndeki kitâbede ise türbenin Kanûnî tarafından inşa ettirildiği aynı tarihle kaydedilmektedir. Sultan Selim’in vefatı 8-9 Şevval 926 (21-22 Eylül 1520) tarihinde olduğuna göre külliyenin yapımını belki de Sultan Selim vefatından önce emretmiş veya buna niyet etmiş, ancak ömrü vefa etmediğinden külliye Kanûnî tarafından bitirilmiş ve babasına hürmeten kendi adını yazmamıştır. İsmail Hami Danişmend, kaynak vermeden caminin yapımına 9 Cemâziyelâhir 927’de (17 Mayıs 1521) başlandığını kaydeder.